Johannes Ender arbeitet als freischaffender Regisseur. Er war Regieassistent am Theater Augsburg. Anschließend studierte er Altphilologie und Orientalistik an der University of Oxford, an der Sorbonne und an der Universität Damaskus.
Nach dem Master-Abschluss folgten mehrere Regieassistenzen und Hospitanzen an verschiedenen Theatern in London, England und Paris, sowie Stationen in der Entwicklungszusammenarbeit bei NGO-Projekten in Nepal, Uganda und Syrien.
Er studierte Regie an der Theaterakademie Hamburg und gewann im Anschluss an Start off-Wettbewerb der Hamburgischen Kulturstiftung. Er zeigte Arbeiten auf Kampnagel Hamburg, am St. Pauli-Theater Hamburg, in der freien Szene in Hamburg und Berlin, am Barbican Centre London, in Teheran, am Theater Heidelberg, am Deutschen Theater Göttingen, in der Muffathalle München, am Theater Salzburg, am Theater Kiel, am Hamburger Schauspielhaus, am Thalia Theater Hamburg, bei der Ruhrtriennale und am Staatsschauspiel Dresden.