Kurz nach Ende des Zweiten Weltkriegs hatten die Theater in Landshut, Passau und Straubing bereits unabhängig voneinander den Spielbetrieb aufgenommen. Infolge der Währungsreform führten finanzielle Schwierigkeiten 1950 jedoch zur Schließung der drei Häuser. Im Februar 1952 wurde die Arbeit im Rahmen des Niederbayerischen Städtebundtheaters – damals noch ein loser Verbund – wieder aufgenommen. Der erste Spielplan umfasste fünf Schauspielproduktionen, sechs Opern und zwei Operetten. Da das Theater im ersten Jahr noch nicht über ein eigenes Ensemble verfügte, wurden die ersten Produktionen ausschließlich mit Gästen besetzt. Bereits im Gründungsjahr wurde die heutige funktionale Aufteilung etabliert, wonach die Schauspielabteilung ihren Sitz in Landshut hat und die musikalische Abteilung in Passau beheimatet ist.
Am 5. Oktober 1952 wurde der „Zweckverband Niederbayerisches Städtebundtheater“ konstituiert, erster Intendant war Erik Wildhagen. Da auch Orte im Bezirk Oberbayern bespielt wurden, benannte sich die Körperschaft des öffentlichen Rechts 1953 in „Südostbayerisches Städtetheater“ um, der Name, den das Theater für die nächsten 55 Jahre tragen sollte. 1964 trat der Bezirk Niederbayern dem Zweckverband bei. Aus finanziellen Gründen sollte der Zweckverband 1968/69 auf Vorschlag des Bayerischen Obersten Rechnungshofes aufgelöst werden, was allerdings von den Mitgliedern abgelehnt wurde. Weil im Laufe der Jahre die Zahl der nicht-niederbayerischen Spielorte stetig abnahm, beschloss der Zweckverband 2008 die Umbenennung in „Landestheater Niederbayern“. Das Theater beschäftigt derzeit rund 240 Mitarbeiter, darunter 25 Solistinnen und Solisten sowie 43 Orchestermusikerinnen und -musiker. Die beiden Abteilungen in Landshut und Passau haben jeweils voneinander unabhängige eigene Werkstätten, Schneidereien, Technik- und Verwaltungsteams.
In Landshut spielt das Landestheater Niederbayern die überwiegende Zahl seiner Vorstellungen im Theaterzelt auf dem Messegelände, nachdem das Stammhaus, das historische Theater im Bernlochnerkomplex, 2014 wegen sicherheitstechnischer Mängel geschlossen werden musste. 2019 wurde nach der Durchführung eines europaweit ausgeschriebenen Architekten-Wettbewerbs die Sanierung des Theaters im Bernlochnerkomplex sowie eine bauliche Erweiterung beschlossen. Aus finanziellen Gründen wurde die Baumaßnahme bisher nicht begonnen.
Intendanten:
bis 1950 Edgar Klitsch (Stadttheater Landshut)
1952–1961 Erik Wildhagen
1961–1967 Willy Meyer-Fürst
1967–1970 Ludwig Bender
1970–1996 Klaus Schlette
1996–2002 Johannes Reitmeier
seit 2002 Stefan Tilch